发布时间：2023-03-01 06:24来源：www.sf1369.com作者：宇宇
高通量测序技术得到快速发展，使得生命科学研究获得了强大的数据产出能力，包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等生物学数据，这些数据具有数据量大（Volume）、数据多样化（Variety）、有价值（Value）、高速（Velocity）等特点。
对于使用matlab做主成分分析，我认为比较复杂，而使用SPSS软件求解的话，相对要简单得多，你完全可以用SPSS软件来求解，那时间不会超过2小时。如果你真的想用matlab的话，
对于主成份分析。我给你一个不错的关于主成分和因子分析的博客吧。
通常的使用主成分分析的建模步骤：
第一步：选取了8个与城市经济实力密切相关的指标；
第二步：对指标进行无量纲化处理（或归一化处理）。根据不同情况采用不同的公式标准化。
第三步：进行主成分分析。
1..采用四次方最大法（Quartimax）进行旋转。
2.第一主成分的特征根值，方差贡献率，累计方差贡献率。
第四步：确定权重由分析的主要个指标，建立权重。
第五步：计算综合评价值。
为什么代谢组学分析代谢物的分子量要小于1000
代谢组学是对一系列相似的生物样本中的代谢物进行比较分析的学科.代谢物在生物系统中起着至关重要的作用,因此代谢组学可用于发现和鉴定生物标志物,或更好地了解药物或疾病对已知和未知生物通路的影响.成功的代谢物组学研究依赖于有效的代谢物提取.对于非靶向代谢组学研究,需要提取细胞和体液中的多种代谢物,并去除无需分析的蛋白质等成分.再加上代谢物的理化性质多样,丰度动辄相差若干数量级,更进一步增加了提取的难度.液液萃取这种两相分离方法常被用于代谢物的提取.液液萃取中有机溶剂和水溶液的性质、体积、溶剂比例、水溶液的pH 值都必须仔细考虑.这些因素会显著影响提取的代谢物数量和实验的重现性.本应用报告介绍了采用液液萃取提取红细胞代谢物的方法.结果表明,调整水相/有机相的比例对于两相分离非常重要.同时水相pH 值对提取的代谢物数量也有很大影响,为了提取尽可能多的代谢物,需要采用多个pH 值进行提取.
靶向代谢组学新技术，区别于传统的非定向代谢组学，具有如下优势： 1.样品种类多：生物流体（血液、尿、唾液、肠道微生物）、环境样品、细胞、动植物组织、污水、药品、食品。 2.化合物涵盖广：包括脂类、维生素、核苷酸、神经递质等700种代谢产物，涵盖所有主要代谢途径。 3.分析时间短：我们的方法能在30min同时测定并准确鉴定出700种化合物。 4.复杂的数据处理：专业的数据处理方法和软件，能对所得数据进行PLS-DA,PCA,ANOVA,VIP,Biomarker等分析。
根据以往经验总结，得出代谢组IF5-8分文章思路：
样本量：稍多
分析思路：
1、单组学差异分析+富集分析+关键物种/代谢物筛选
2、组学间相关性关联/数据挖掘关联，筛选关键物种-代谢物对
3、一般有简单实验验证结论
预算：10-50万